Zijn dood, op 58-jarige leeftijd, maakte grote indruk in Brabant, maar ook in de rest van Nederland. In de zes jaar dat hij bisschop was liet hij zich van een progressieve kant zien. Historicus Gerard Rooijakkers zegt: "Hij was de man van het bevrijdende woord, en gaf mensen een eigen verantwoordelijkheid." Hij gaf katholieken min of meer toestemming om de net uitgevonden anti-conceptiepil te gebruiken. Dat werd volgens Rooijakkers in die jaren 'iets lekkers van Bekkers' genoemd.
Verliefd Jan Peijnenburg uit Eindhoven heeft als hoogbejaarde priester levendige herinneringen aan Bekkers. Hij ging naar de bisschop toe met Threes van Dijck op wie hij verliefd was geworden. Hij ging de bisschop vertellen dat hij met Threes samen wilde wonen. "Och nee Jan, vraag me dat niet, dan krijg ik alle pastoors op mijn nek," reageerde Bekkers.
Bisschoppelijke zegenMaar Threes en Jan kregen daarna geknield de bisschoppelijke zegen, en dat gaf hen het gevoel dat ze verder konden. Ze gingen samenwonen, en leven nu, meer dan vijftig jaar later nog steeds samen. Ze gaan nog geregeld naar het graf van Bekkers. Jan zegt: "Bekkers wist dat God liefde is, en dat dus liefde ook God is. Dat is alles wat je moet doen: liefhebben."
Monument in de St. JanHistoricus Gerard Rooijakkers vindt dat de erfenis van Bekkers lange tijd genegeerd is door meer behoudende bisschoppen, maar hij verwacht dat de nieuwe bisschop Gerard de Korte daar verandering in zal brengen. Rooijakkers vindt dat er in de St. Jan een monument moet komen om het bevrijdende woord van Bekkers te herdenken.