1999 Festina-verzorger Voet beschuldigt Verbruggen in boekIn de Tour de France van 1998 wordt verzorger Willy Voet van de Festina-ploeg aan de grens betrapt met doping in zijn auto. Door deze ontdekking komt het jarenlange dopinggebruik binnen de Festina-ploeg aan het licht. In 1999 verschijnt een boek van Voet waarin hij de UCI en Verbruggen beschuldigt van het in de doofpot stoppen van doping in de wielerwereld. In 2002 sleept de UCI Voet voor de rechter. Twee jaar later wint UCI de zaak. Ook in het hoger beroep in 2006 trekt de wielerbond aan het langste eind.
2008 Verbruggen beschuldigd van omkopingDe Engelse omroep BBC komt in 2008 met een verhaal over omkoping van de UCI door Japanse wedstrijdorganisatoren. De Japanners zouden 3 miljoen dollar hebben betaald voor de UCI om het baanonderdeel Keirin te promoten als Olympische sport te maken. Keirin is een populaire sport in Japan waar veel op gegokt wordt. In 2000 tijdens de spelen van Sydney is Keirin daadwerkelijk Olympisch. Volgens de BBC hebben de betalingen van de Japanners daarin een cruciale rol gespeeld. Zo zou er ondermeer betaald zijn voor reiskosten van Verbruggen van en naar Nederland. Verbruggen heeft altijd ontkend dat er iets onoorbaars is gebeurd.
2010 Floyd Landis beschuldigt VerbruggenDe Amerikaanse wielrenner Floyd Landis klapt in 2010 uit de school over het dopinggebruik van Lance Armstrong. Volgens Landis zou Verbruggen in 2001 een positieve dopingtest van Armstrong onder het tapijt hebben geveegd. Verbruggen ontkent, maar geeft wel toe dat Armstrong en bijdrage heeft gedaan voor het aanschaffen van en machine waarmee doping kan worden opgespoord.
2012 Usada beschuldigt UCI In oktober 2012 komt de Amerikaanse dopingautoriteit Usada met een rapport waarin voormalig Tourwinnaar Lance Armstrong wordt aangemerkt als spil in een groot dopingnetwerk. Volgens Usada heeft de UCI onder Verbruggen en McQuaid meegeholpen aan de instandhouding van 'het meest verfijnde dopingsysteem in de historie van de sport'.
2013 Verbruggen weer in opspraakPat McQuaid, de voorzitter van de Internationale Wielerunie UCI, wordt beschuldigd van corruptie. Het is wielerwebsite VeloNews die uitpakt met een dossier van 54 pagina’s vol aantijgingen aan het adres van de Ier. Zo zou McQuaid samen met ex-voorzitter Hein Verbruggen vorig jaar 250.000 euro hebben gevraagd aan een eigenaar van een wielerploeg. In ruil zouden ze het team en het wielrennen in het land van het team promoten.