In mei 2014 deed de Militaire Luchtvaart Autoriteit (MLA) aangifte tegen de vliegbasis. De magnesiumfakkels (of flares) zouden zijn vervoerd in het ruim van een Hercules-transportvliegtuig. Magnesium is zeer licht ontvlambaar. De regels schrijven daarom voor dat de fakkels net als andere munitie veilig opgeborgen moeten worden.
Volgens de MLA was daar absoluut geen sprake van en daarom volgde de aangifte. De vier verantwoordelijken voor het transport gaan nu vrijuit.
LEES OOK: 'Foute medewerkers Vliegbasis Eindhoven nog steeds actief'
Het rommelt al lange tijd binnen Vliegbasis Eindhoven en met name binnen het squadron dat met de transportvliegtuigen vliegt. Binnen dat squadron wordt volgens bronnen losbandig omgegaan met de veiligheidsprocedures. Zo zou er bijvoorbeeld dronken gevlogen zijn. Er volgden onderzoeken naar de vliegveiligheid binnen het squadron.
Volgens de minister zijn alle problemen weer opgelost, maar toch kwam deze zomer naar buiten dat er een nieuw onderzoek loopt naar gerommel met geld en (opnieuw) alcoholmisbruik op de vliegbasis.