Onder de ark op het kunstwerk is een veel groter schip tevoorschijn gekomen. Bosch heeft hier overheen geschilderd. Een internationaal onderzoeksteam heeft dit ontdekt.

Tot en met mei 2016 gaan onderzoekers alle schilderijen van Bosch bestuderen en in documenten vastleggen. Zo willen ze meer aan de weet komen over de stijl en techniek van de Bosschenaar. Ook proberen ze de houdbaarheid van de ongeveer dertig werken beter in kaart te brengen. Met onder meer technische hulpmiddelen wordt het mogelijk om door verflagen heen te kijken. Dit is toegepast bij 'De Ark van Noach op de Berg van Ararat na de Zondvloed'. Het schilderij hangt overigens in Museum Boijmans Van Beuningen in Rotterdam.

Het zogeheten Bosch Research and Conservation Project wordt uitgevoerd door het Noordbrabants Museum in Den Bosch, de Radboud Universiteit Nijmegen, de Stichting Restauratie Atelier Limburg en de Queen's University in Canada. Het is voor het eerst dat Bosch' collectie op zo'n schaal wordt onderzocht. Hiermee is 2,6 miljoen euro gemoeid.

De onderzoeksresultaten worden in 2016 gepresenteerd. Dit zal gebeuren tijdens een tentoonstelling in het Noordbrabants Museum. In 2016 viert Den Bosch op grootse wijze de 500e sterfdag van Jheronimus Bosch.